Die strategische Leitung der Schwesterngemeinschaft ist dem Generalrat mit der Generaloberin und zwei Generalrätinnen anvertraut. Diese drei leitenden St. Anna-Schwestern haben auch Einsitz im Stiftungsrat der St. Anna Stiftung. Der Generalrat wird bei den alltäglichen Anliegen der Schwestern von der Leiterin der St. Anna-Schwestern unterstützt.